Научная деятельность университета направлена как на трансформацию жизни города и края, так и на решение глобальных вызовов, стоящих перед мировым научным сообществом. Учёные СФУ решают ключевые проблемы современности: адаптацию к изменениям климата, сохранение и рациональное использование природных ресурсов, продовольственную безопасность, повышение связанности территорий Российской Федерации и улучшение качества жизни в северных и арктических регионах.

В СФУ действуют более 150 научных и учебных лабораторий. Ежегодно университет ведёт более 420 научно-исследовательских проектов.

В 2024 году СФУ благодаря научно-исследовательским работам «заработал» почти 1 млрд рублей. Были открыты новые направления исследований (промышленные биотехниологии, лингвистика в разрезе реабилитации раненых и травмированных участников боевых действий). В университете спроектировали транспортный каркас Красноярска с учётом строительства метро. В Норильске учёные СФУ провели оценку растепления и термостабилизации грунтов.

В университете создано 6 лабораторий под руководством мировых учёных. Лабораторию биолюминесцентных биотехнологий открыл нобелевский лауреат, Почётный профессор СФУ Осаму Шимомура.